Selitetty: Mutatoitunut koronavirus vs. testit, rokotteet

Uudet koronavirus vs Covid-19 -rokotteet ja testit: Isossa-Britanniassa kiertävä koronavirusvariantti määritellään monien mutaatioiden perusteella. Mitkä niistä ovat erityisen huolestuttavia? Miksi WHO on ilmoittanut, että se voi välttää joitakin PCR-testejä, ja voiko se vaikuttaa rokotuksiin?

Pullo Pfizer-BioNTech Covid-19 -rokotteesta Guy's Hospitalissa Lontoossa. Vaikka virus on mutatoitunut joillakin alueilla, useimmat rokotteet kohdistuvat useisiin osiin. (AP kuva: Frank Augstein)

Uusissa tiedoissa Isossa-Britanniassa kiertävästä koronaviruksen SARS-CoV-2:n uudesta variantista, yksi mutaatio on ollut erityisen huolestuttava. Variantti, jota kutsutaan nimellä VUI 202012/01 ja jonka on raportoitu kykenevän leviämään nopeammin ihmisten keskuudessa, määritellään jopa 14 mutaatiolla ja kolmella deleetiolla sen geneettisessä materiaalissa. Erityisen huolestuttavaa on yksi mutaatio, N501Y. Vaikka muunnelman mahdollisuuksia vaikuttaa testaus- ja rokotustuloksiin tutkitaan edelleen, terveysviranomaiset ovat suurelta osin optimistisia, että useimmat testit ja rokotteet toimivat edelleen.

Mikä on mutaatio?

Mutaatio tarkoittaa muutosta geneettisessä materiaalissa. RNA-viruksessa, kuten SARS-CoV-2, proteiinit koostuvat aminohapposekvenssistä. Tällainen virus sisältää noin 30 000 'emäsparia', jotka ovat kuin tiilet, jotka on asetettu vierekkäin muodostamaan rakenteen. Muutos tässä emäksessä voi olla mutaatio, joka muuttaa tehokkaasti viruksen muotoa ja käyttäytymistä.

Yhdistyneen kuningaskunnan variantissa yksi mutaatio on tehnyt viruksesta todennäköisemmin sitoutuvan ihmisen proteiineihin, joita kutsutaan reseptoreiksi. Tätä kutsutaan nimellä N501Y.

Mikä on N501Y?

Yksinkertaisesti sanottuna aminohappo, jota edustaa N-kirjain ja joka on asemassa 501 koronaviruksen geneettisessä rakenteessa, on korvattu kyseisessä asemassa toisella aminohapolla, jota edustaa Y. Asema, jossa tämä muutos on tapahtunut, on piikkiproteiinin reseptoria sitova domeeni. (Se on viruksen piikkiproteiini, joka sitoutuu ihmisen reseptoriin.)

Siksi mutaatio on lisännyt koronaviruksen sitoutumisaffiniteettia. Mutatoituneen viruksen kerrotaan aiheuttavan 60 prosenttia viimeaikaisista tartunnoista Lontoossa.

Global Initiative on Sharing Avian Influenza Data (GISAID) -tietokannan mukaan sama mutaatio reseptoriin sitoutuvassa domeenissa on raportoitu itsenäisesti useissa maissa, mukaan lukien Etelä-Afrikka ja Australia. Sekvenssianalyysi on osoittanut, että tämä mutaatio on peräisin erikseen Isosta-Britanniasta ja Etelä-Afrikasta.

Entä muut koronaviruksen mutaatiot?

Mutaatiot ovat yleisiä, mutta suurin osa niistä ei aiheuta muutoksia koodaamiensa proteiinien rakenteeseen – näitä kutsutaan 'synonyymeiksi' mutaatioiksi, koska ne lopulta muuttuvat samoihin aminohappoihin. Toinen tyyppi on 'ei-synonyymi' mutaatio, joka voi johtaa aminohappomuutokseen.

Isossa-Britanniassa kiertävässä variantissa on kuusi synonyymiä muutosta ja neljätoista ei-synonyymiä mutaatiota. Lisäksi on kolme 'deleetiota' - aminohappoja, jotka on poistettu sekvenssistä.

Maailman terveysjärjestön (WHO) mukaan muut kuin N501Y-mutaatiot, jotka voivat vaikuttaa viruksen tarttumiseen ihmisiin, ovat P681H ja HV 69/70.

Ja mitä ovat P681H ja HV 69/70?

P681H : Tämä mutaatio on tapahtunut aminohapossa, joka on läsnä kohdassa 681 - toisessa asemassa reseptoria sitovassa domeenissa. Tässä aminohappo P on korvattu H:lla. US Centers for Disease Control (CDC) on sanonut, että tämä on kohta, jolla on suuri vaihtelu koronaviruksissa, ja tämä spesifinen mutaatio on myös ilmaantunut spontaanisti useita kertoja. WHO on sanonut, että tämä mutaatio on biologisesti merkittävä.

Tutkijat ovat aiemmin osoittaneet, että tämä mutaatio voi edistää pääsyä hengitysteiden epiteelisoluihin ja leviämistä eläinmalleissa.

Viimeaikaiset näytteet, jotka on sekvensoitu Afrikan tartuntatautien genomiikan huippuyksikössä, Redeemer's Universityssä, Nigeriassa, ovat osoittaneet P681H-sekvenssin siellä. Tutkijat sanovat kuitenkin, että tällä hetkellä heillä ei ole todisteita siitä, että P681H-variantti myötävaikuttaisi viruksen lisääntyneeseen leviämiseen Nigeriassa.

HV 69/70 : Tämä mutaatio on seurausta aminohappojen deleetiosta asemissa 69 ja 70. Nämä asemat ovat jälleen viruksen piikkiproteiinissa. Tämä poisto on havaittu myös Ranskassa ja Etelä-Afrikassa. CDC on sanonut: Tämä kaksoisdeleetio on tapahtunut spontaanisti monta kertaa, ja se todennäköisesti johtaa piikkiproteiinin muodon muutokseen (eli konformaatiomuutokseen).

Uuden muunnelman Isossa-Britanniassa punaisella lipulla merkityn COVID-19 Genomics Consortium UK:n (CoG-UK) puolesta toimivat tutkijat ovat todenneet alustavassa raportissaan, että tämä poisto nähtiin myös minkkiin liittyvässä taudinpurkauksessa Tanskassa. Ihmisillä tämä deleetio on liitetty toiseen mutaatioon, N439K:hen, joka taas esiintyi reseptoria sitovana domeenina.

WHO on korostanut, että tämä poisto voi vaikuttaa joidenkin RT-PCR-testien suorituskykyyn, jotka havaitsevat uuden koronaviruksen.

Miten se voi vaikuttaa RT-PCR-testeihin?

WHO on sanonut, että deleetion kohdissa 69/70 on havaittu vaikuttavan joidenkin diagnostisten PCR-määritysten suorituskykyyn, joissa käytetään 'S-geenikohdetta' ('S'- tai piikkiproteiinissa). WHO on kuitenkin myös sanonut, että useimmat maailmanlaajuisesti tehdyt PCR-analyysit käyttävät useita kohteita, ja siksi variantin vaikutuksen diagnostiikkaan ei odoteta olevan merkittävä.

Myös CDC on sanonut, että useimmilla kaupallisilla PCR-testeillä on useita kohteita, joissa ne havaitsevat viruksen, joten vaikka mutaatio vaikuttaisi johonkin kohteista, muut PCR-kohteet toimivat silti.

Itse asiassa uuden kannan laukaisema infektio myös Isossa-Britanniassa havaittiin tavanomaisella RT-PCR-testillä.

Laboratorioiden, jotka käyttävät viruksen S-geeniin kohdistuvia talon sisäisiä PCR-määrityksiä, tulisi myös olla tietoisia tästä mahdollisesta ongelmasta. Jotta vaikutusta maiden havaitsemiskapasiteettiin rajoitetaan, suositellaan myös lähestymistapaa, jossa käytetään erilaisia ​​määrityksiä rinnakkaisissa tai multipleksimäärityksissä, jotka kohdistuvat eri virusgeeneihin, jotta mahdollisten syntyvien varianttien havaitseminen olisi mahdollista, WHO suositteli.

Vaikuttaako se rokotteiden kehittämiseen?

CDC on sanonut, että Yhdysvaltain elintarvike- ja lääkeviraston (FDA) hyväksymät rokotteet ovat polyklonaalisia, ja ne tuottavat vasta-aineita, jotka kohdistuvat useisiin piikkiproteiinin osiin.

Viruksen pitäisi todennäköisesti kerätä piikkiproteiiniin useita mutaatioita välttääkseen rokotteiden tai luonnollisen infektion aiheuttaman immuniteetin, se on sanonut.

Ja WHO on sanonut: Laboratoriotutkimukset ovat käynnissä sen määrittämiseksi, onko näillä virusmuunnelmilla erilaisia ​​biologisia ominaisuuksia tai muuttavatko ne rokotteen tehoa. Tällä hetkellä ei ole tarpeeksi tietoa sen määrittämiseksi, liittyykö tämä variantti mihinkään muutoksiin kliinisen sairauden vakavuudessa, vasta-ainevasteessa tai rokotteen tehokkuudessa.

Jaa Ystäviesi Kanssa: